一、省级重点学科
        我校现有浙江省重点学科3个，其中捕捞学为浙江省第3、4批省重点扶植学科，海洋生物学和行政管理学为第5批省重点学科。2006年，海洋生物学和捕捞学通过了国务院学位办组织的第十次学位授权审核，成为学校首批硕士学位授权学科，建有浙江省海水增养殖重点试验基地。

二、校级重点学科
       根据学校发展战略和现有学科资源，本着优化学科体系结构、凝练学科方向的原则，于2006年设置了渔业资源学等34个二级学科，进行培育和建设。在34个二级学科基础上，遴选出包括省重点学科在内的20个校重点学科，其中A类8个，B类12个。
       1．校重点学科A类：海洋生物学、捕捞学、渔业资源学、船舶与海洋结构物设计制造、水产品加工及贮藏工程、应用数学、行政管理学、中国古代文学。
       2．校重点学科B类：物理海洋学、生物化学与分子生物学、环境科学、水产养殖学、控制理论与控制工程、机械设计与理论、药物化学、油气储运工程、旅游管理学、思想政治教育、英语语言文学、课程与教学论。

       目前，我校已出台和逐步完善重点学科相关的管理制度，积极出台相应措施和政策，保障重点学科建设过程中的人、财、物的到位。当前，我校重点学科的建设打破二级学科的范畴，正酝酿重点培育具有海洋特色学科群和重中之重学科的建设，并积极筹划学科发展战略和中长期发展规划，为学校顺利实现教学研究型高校向教学研究型大学转变作出贡献。