（化学制药）本专业为浙江省重点建设专业，主要培养化学药物、天然药物的研究、开发、生产、工艺设计和经营管理的中高级工程技术人才。学生在掌握化学制药知识的基础上，补充学习天然药物、药事管理的专业知识。毕业生具备药物新产品、新技术研制和开发的基本能力，药物生产的技术经济分析和生产管理的基本能力，开拓市场、营销、外贸的基本能力，能够胜任制药企业、科研单位、高等院校及医药公司等部门的化学药物或天然药物的研究与开发、生产、经营和管理、药物检验、新药报批、专利事务、医疗工程设计以及外贸、医药代表、营销等工作，也可经公务员考试进入药品监督管理局、药物检验所、知识产权局等政府部门任职。基本学制4年，授予工学学士学位。
（生物制药）本专业为浙江省重点建设专业，是生命科学、药学、工程学和化学等领域交叉融合的专业，培养掌握生物制药技术与制药工程的基本理论知识，具备微生物制药、生化制药、基因工程制药和天然药物生物制备等工程技术的人才，突出生物制药工程技术应用能力和科研成果产业化能力的培养。主干课程包括生物技术系列、药物系列、工程系列、化学系列、计算机系列及营销和管理系列课程，学生有较多机会开展课外科技活动，培养科研动手和创新能力。毕业生可到有关制药企业、科研院校、医药公司及药监部门等从事生物药物的研发生产、工程管理、制药工业设计、新药报批、质检监督、专利事务、外贸和营销等工作。基本学制4年，授予工学学士学位。