在历次教育部学位与研究生教育发展中心组织的全国学科评估中，药学、中药学学科排名始终名列前茅。在全国第四轮学科评估中，药学学科获评A+。现有药学、中药学、生物学3个一级学科博士学位授予点，24个二级学科博士学位授予点；6个一级学科硕士学位授予点，29个二级学科硕士学位授予点。设有药学、中药学2个博士后流动站，可在24个专业接收博士后人员。现有药学硕士、中药学硕士、工程硕士（制药工程领域）、应用统计硕士、公共管理硕士等5个专业学位硕士点。药学一级学科为国家一级重点学科，所覆盖的药物化学、药剂学、生药学、药物分析学、微生物与生化药学、药理学等6个二级学科均为国家重点学科；中药学一级学科为江苏省国家一级重点学科培育建设点，其中中药化学二级学科为“十二五”国家中医药管理局重点学科；中西医结合学科为江苏省一级重点学科。药学、生物学学科获“江苏高校优势学科建设工程”三期项目立项建设。化学、工商管理学科为江苏省“十三五”重点（培育）学科，环境科学与工程学科为江苏省“十三五”重点建设学科。

2018年，我校药理学与毒理学、化学、生物与生物化学、临床医学4个学科领域的ESI排名进入全球前1%。最新数据显示，我校药理学与毒理学学科排名跨入全球前1‰，位列全球第50位、国内高校第1位。在2019USNews世界最佳大学学科排名中，我校在药理学与毒理学学科领域位列全球第22位，高居国内榜首。在2018年软科世界一流学科排名中，我校药学学科位列全球第40位，居中国内地第一。在QS世界大学学科排名中，我校药物学与药理学学科进入全球第51-100段位。在2019年2月公布的自然指数排名中，我校排名位居内地高校第50位。根据中国科教评价研究院、中国科学评价研究中心（2019年）发布的指标，2019-2020年中国药科大学的药物化学、药剂学、生药学、微生物与生化药学4个学科排名位列全国第一，药物分析学、药理学2个学科排名位列全国第二。

学校下设14个院部系，实行大类+专业招生模式，现有11个本科招生专业（类），3个专科（高职）招生专业。药学、药物制剂、药物化学、中药学和生物制药专业被评为国家特色专业建设点；药学、中药学、生物制药、药物制剂和药事管理专业被评为“十三五”江苏高校品牌专业建设项目；药学类、中药学类、生物工程类、工商管理类专业和制药工程专业被评为“十二五”江苏省重点专业；药学、药物制剂、中药学、中药资源与开发、生物工程、生物技术和制药工程专业被评为江苏省品牌专业；临床药学、国际经济与贸易、工商管理、药事管理和英语专业被评为江苏省特色专业。学校省级以上品牌、特色专业及重点专业覆盖率达76%。

学校师资力量雄厚，荟萃着众多知名的药学专家。在职教职工1600余人，其中专任教师1025人。专任教师中具有博士、硕士学位人员占92%；具有正高级专业技术职务192人，副高级专业技术职务346人；博士生导师250人，硕士生导师481人。现有德国科学院院士1人、中国工程院院士1人、“长江学者”7人、“千人计划”1人、“万人计划”6人、“国家杰出青年科学基金”获得者6人、“百千万人才工程”国家级培养人选4人、教育部新世纪优秀人才支持计划33人、江苏省有突出贡献中青年专家6人、享受国家政府特殊津贴53人，“国家级教学名师”2人、“全国优秀教师”1人、“江苏省教学名师”7人；国家自然科学基金创新研究群体1个、教育部创新团队3个、江苏省“双创”团队5个、江苏省青蓝工程优秀创新团队8个，国家级教学团队3个、省级教学团队3个。多名教师在中国药学会、中国高等医学教育学会、中国药理学会、中华中医药学会、中国免疫学会、药典委员会等学术团体中担任主要职务，在医药学界有着广泛的影响。