石河子大学设有师范学院（兵团教育学院）、政法学院、体育学院、文学艺术学院、外国语学院、理学院、生命科学学院、化学化工学院、信息科学与技术学院、机械电气工程学院、水利建筑工程学院、食品学院、农学院、动物科技学院、医学院、药学院、经济与管理学院、商学院、科技学院、高等职业技术学院等学院。
学校现有国家国际科技合作基地2个，省部共建国家重点实验室培育基地2个，教育部省部共建重点实验室2个，教育部工程中心2个，国家地方联合工程研究中心1个、国家地方联合工程实验室2个，国家大学科技园1个，兵团重点实验室4个，兵团工程技术研究中心3个，兵团协同创新（培育）中心4个。自治区教育厅重点实验室4个，自治区和兵团文科重点研究基地4个。
现有国家重点学科1个和国家重点（培育）学科1个，省级重点学科14个。有国家级教学团队3个、教学名师1人，国家级精品课程4门、特色专业5个、实验教学示范中心1个、双语教学示范课程1门，教育部精品视频公开课3门、国家级精品资源共享课2门，国家大学生创新创业训练计划项目491项。学校设有国家大学生文化素质教育基地、校外实践教育基地，是教育部卓越（医生、工程师、农林人才）教育培养计划项目试点高校。
石河子大学硕士、博士学位授权点目录
一级学科博士学位（8个）
0202 应用经济学
0802 机械工程
0817 化学工程与技术
0828 农业工程
0901 作物学
0902 园艺学
0905 畜牧学
1202 工商管理
一级学科硕士学位（26个）
0202 应用经济学
0305 马克思主义理论
0401 教育学
0501 中国语言文学
0710 生物学
0702 物理学
0703 化学
0705 地理学
0802 机械工程
0814 土木工程
0815 水利工程
0817 化学工程与技术
0828 农业工程
0832 食品科学与工程
0901 作物学
0902 园艺学
0903 农业资源利用
0904 植物保护
0905 畜牧学
0906 兽医学
1001 基础医学
1002 临床医学
1004 公共卫生与预防医学
1007 药学
1011 护理学
1202 工商管理
专业学位硕士授权类别（16种）
0251 金融
0257 审计
0351 法律
0451 教育
0454 应用心理
0852 工程
0951 农业
0952 兽医
1051 临床医学
1052 口腔医学
1053 公共卫生
1054 护理
1055 药学
1251 工商管理
1253 会计
1351 艺术
学校现有教职工2531人，专任教师1722人，中国工程院院士1人，兼聘中国工程院院士2人、教育部“长江学者奖励计划”特聘教授3人、国家“973计划”项目首席科学家2人，教授237人、副教授617人。拥有教育部创新团队2个，黄大年式教师团队1个，入选国家“万人计划”领军人才5人，入选教育部“新世纪优秀人才支持计划” 10人，入选国家百千万人才工程6人，入选“千人计划”-新疆项目7人，省部级突出贡献专家11人，省级高层次人才44人。
学校面向全国31个省（市、区）招生，现有在校生41475人，其中普通本科生22146人，普通专科生1118人，国防生392人，硕士、博士研究生3492人。学校本科毕业生就业率连续多年保持在90%以上。近年来，学校先后荣获“全国普通高校毕业生就业工作先进集体”、“全国毕业生就业典型经验50所高校”等荣誉称号。
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