学校有一批水平先进、设施完善的实验室和科研基地。拥有“光电材料与技术”、“有害生物控制与资源利用”、“华南肿瘤学”、“眼科学”等4个国家重点实验室，“水生经济动物繁殖营养和病害控制”、“植物基因工程”等2个国家重点学科专业实验室，“南海海洋生物技术”国家工程研究中心以及“国家新药（抗肿瘤药物）临床试验”研究中心等国家级科研机构；拥有“聚合物复合材料及功能材料”、“基因工程”、“生物无机与合成化学”、“数字家庭”、“眼科学”、“肿瘤相关基因与抗肿瘤药物研究”、“热带病防治研究”、“干细胞与组织工程”、“水产品安全教育部重点实验室”等9个教育部重点实验室和1个教育部实验室（B类）；“食品工程”、“南海海洋生物技术”、“基因育苗”3个教育部工程中心；有马克思主义哲学与中国现代化研究所、逻辑与认知研究所、港澳珠江三角洲研究中心、行政管理研究中心、历史人类学研究中心、中国非物质文化遗产研究中心等6个教育部人文社会科学重点研究基地以及5个广东省人文社会科学重点研究基地；并拥有眼科学实验室、肾脏病临床研究实验室、辅助循环实验室等3个卫生部重点实验室以及15个广东省重点实验室。