学院下设水利工程系、建筑工程系、环境工程系、机电工程系、信息工程系、经济管理系、商务管理系、基础科学部和国际合作部等9个系部，开设50个专业，涵盖水利、土建、制造、电子信息、财经、旅游、艺术设计传媒等12个专业大类。水利工程和建筑工程技术专业是全国水利高等职业教育示范专业。水利工程和机电一体化技术专业是国家财政专项建设经费重点支持专业。水利工程和机电一体化技术专业被山东省教育厅确定为职业教育“十、百、千工程”建设方案示范专业。水利工程、建筑工程技术、电子信息工程、机电一体化技术、水利水电工程管理和会计电算化等6个专业被山东省教育厅确定为山东省高等学校特色专业。水利工程、建筑工程技术、机电一体化技术、电子信息工程技术、酒店管理、道路桥梁工程技术、土木工程检测技术、电气自动化技术等8个专业是全国水利高等职业教育示范院校重点建设专业。