我院现设有水利工程系、电力工程系、建筑工程系、机电工程系和信息工程系五大专业系。

1、水利工程系：

水利工程系历史悠久，人才辈出，伴随着水电学院85年发展史，历经风雨，同磨砺共成长，现在已日益成熟，渐趋完善。水利工程系在教学团队建设、专业建设、课程体系与教材建设、实验实训条件建设、社会服务能力建设等方面敢挑重担，勇于开拓，争先创优，取得了一个又一个骄人的成绩。2010年水利工程系荣获“全国水利系统先进集体”殊荣、水工教研室被授予三明市“工人先锋号”荣誉。“水利水电建筑工程”被福建省教育厅确定为2007年度省级精品专业；“水电站动力设备与管理”由中国水利教育协会批准为首批全国水利高职教育示范专业；水工专业师资队伍、水利工程核心课程教学团队被福建省教育厅评为2008年度、2010年度省级教学团队；水利工程制图、水电站、水工建筑物等三门课程被福建省教育厅评定为2008～2010年度省级精品课程。水力学、水利工程施工、水轮机、水利工程经济、水利工程测量等五门课程被确定为2007～2011年度院级精品课程。

2、电力工程系：

电力工程系是我院电力技术类专业教学与学生管理的主管系，设有电力系统自动化、输配电工程、供用电技术等3个教研室，有实训场15个，校外实训基地26个，  电力系统自动化教研室被评为省级优秀教学团队和省师德建设先进集体，系党总支被省委教育工委评为优秀基层党组织，有教学名师3位、福建省高等教育教学成果一等奖1项。电力工程系是福建电监办认定的进网作业电工、电气安装工长培训和考试单位，从2010年开始培训人数逐年增长。近四年，有26位老师及87名同学直接参与了3个电网规划，1座110kV变电站、5座35kV变电站、7条35kV输电线路设计，4条110kV输电线路设计，37个配电设计，解决企业技术难题7项。
    3、建筑工程系：

建筑工程系现有建筑工程技术、工程造价、工程监理、道路桥梁工程技术、市政工程技术、建筑设备工程技术、楼宇智能化工程技术、建筑电气工程技术8个专业。拥有材料力学与建筑材料、土力学与工程地质、工程质量检测、工程造价、建筑施工、楼宇智能化等6个实验实训室；有材力与建材实验、土工实验、建筑水电安装等3处实训场。现拥有福建省中禹水利水电工程有限公司、福建开辉市政建设有限公司、福建路港（集团）有限公司、福建省第一建筑工程公司、福建路桥建设有限公司、永安市建兴工程监理咨询有限责任公司等多个校外实习基地。其中“建筑技术实训基地”获得2008年度中央财政资金支持的职业教育实训基地建设项目。工程造价专业获中央财政支持“提升专业服务产业发展能力”项目建设。建筑工程系在教学团队建设、专业建设、课程体系与教材建设、实验实训条件建设、社会服务能力建设等各方面敢挑重担，勇于开拓，争先创优，不断发展壮大。“建筑工程技术”分别被福建省教育厅确定为2008年度省级精品专业；工程地质与土力学、工程力学等二门课程被福建省教育厅评为2008～2010年度省级精品课程。

4、机电工程系：

机电工程系是学院重点建设的系部之一，设有机电一体化技术、模具设计与制造、电气自动化技术、检测技术及应用四个专业。机电系拥有先进的教学手段和实训教学设备，现有电工实验室、微处理器实验室、电气仿真实验室、电机与拖动实验室、液压与气动实验室、金工实训场、模具模型实验室、数控编程仿真实训室、数控加工实训场等多个校内实验实训场所，实验实训场地面积达到1926平米，教学、科研设备459台（套），总价值230多万元、机电系不断深化校企合作，与十多家大中型企业建立了友好合作关系，学生吃苦耐劳、专业基础扎实，受到用人单位好评，近三年来各专业毕业生就业率均保持在 95% 以上。

5、信息工程系：

信息工程系成立于2003年，主要由电子信息类和计算机类专业组成。经过10年的发展现有电子信息工程技术、通信技术、光电子技术、太阳能光电应用技术、计算机应用技术（数字城市技术方向）、三维动画设计（虚拟现实技术方向）、图形图像制作、环境艺术设计、电子商务等九个专业。所开设的专业经福建省教育评估中心2012—2013年福建省高职院校专业建设质量专业测评和评价，均在全省前10 名内。

信息工程系现有省级精品专业一个，省级优秀教学团队一个，省级教学名师一名，省级专业带头人一人。信息工程系秉承了我院 “精求技能、崇尚文明”的办学理念，培养社会当前急需的高技术应用型人才培养为目标，深入改革和实施“工学结合、校企合作”人才培养模式，取得显著成效。现有省级精品课程两门，院级精品课程八门；建有省财政支持的校内生产性实训基地，校办对外经营实体，学生自主创业培训基地各1 个，各类专业实训室、实训场11个；同时还设有福建省高级工技能鉴定、计算机高新技术等级考试、全国计算机等级考试的考点。