| 学院 | 专业名称 | 学科门类 | 学院网址 |
| 航海学院 | 交通运输 | 工学 | http://nav.jmu.edu.cn |
| 航海学院 | 航海技术 | 工学 | |
| 航海学院 | 物流管理 | 管理学 | |
| 轮机工程学院 | 电气工程及其自动化 | 工学 | http://mei.jmu.edu.cn |
| 轮机工程学院 | 轮机工程 | 工学 | |
| 轮机工程学院 | 船舶电子电气工程 | 工学 | |
| 轮机工程学院 | 船舶与海洋工程 | 工学 | |
| 水产学院 | 动物科学 | 农学 | http://fishery.jmu.edu.cn |
| 水产学院 | 水产养殖学 | 农学 | |
| 水产学院 | 海洋渔业科学与技术 | 农学 | |
| 水产学院 | 水生动物医学 | 农学 | |
| 食品与生物工程学院 | 食品科学与工程 | 工学 | http://bec.jmu.edu.cn |
| 食品与生物工程学院 | 生物工程 | 工学 | |
| 体育学院 | 体育教育 | 教育学 | http://phys.jmu.edu.cn |
| 体育学院 | 社会体育指导与管理 | 教育学 | |
| 体育学院 | 运动训练 | 教育学 | |
| 体育学院 | 武术与民族传统体育 | 教育学 | |
| 财经学院 | 经济学 | 经济学 | http://cjc.jmu.edu.cn |
| 财经学院 | 国际经济与贸易 | 经济学 | |
| 财经学院 | 财政学 | 经济学 | |
| 财经学院 | 金融学 | 经济学 | |
| 财经学院 | 投资学 | 经济学 | |
| 财经学院 | 会计学 | 管理学 | |
| 师范学院 | 小学教育 | 教育学 | http://teacher.jmu.edu.cn |
| 师范学院 | 学前教育 | 教育学 | |
| 工商管理学院 | 审计学 | 管理学 | http://ms.jmu.edu.cn |
| 工商管理学院 | 工商管理 | 管理学 | |
| 工商管理学院 | 市场营销 | 管理学 | |
| 工商管理学院 | 旅游管理 | 管理学 | |
| 工商管理学院 | 电子商务 | 工学 | |
| 音乐学院 | 音乐学 | 艺术学 | http://com.jmu.edu.cn |
| 音乐学院 | 音乐表演 | 艺术学 | |
| 音乐学院 | 舞蹈表演 | 艺术学 | |
| 美术学院 | 美术学 | 艺术学 | http://arts.jmu.edu.cn |
| 美术学院 | 视觉传达设计 | 艺术学 | |
| 美术学院 | 环境设计 | 艺术学 | |
| 美术学院 | 环境设计(闽台合作) | 艺术学 | |
| 美术学院 | 动画 | 艺术学 | |
| 信息工程学院 | 电子信息工程 | 工学 | http://ie.jmu.edu.cn |
| 信息工程学院 | 通信工程 | 工学 | |
| 信息工程学院 | 通信工程(闽台合作) | 工学 | |
| 信息工程学院 | 微电子科学与工程 | 工学 | |
| 计算机工程学院 | 计算机科学与技术 | 工学 | http://cec.jmu.edu.cn |
| 计算机工程学院 | 软件工程 | 工学 | |
| 计算机工程学院 | 网络工程 | 工学 | |
| 计算机工程学院 | 智能科学与技术 | 工学 | |
| 机械与能源工程学院 | 机械设计制造及其自动化 | 工学 | http://me.jmu.edu.cn |
| 机械与能源工程学院 | 机械电子工程 | 工学 | |
| 机械与能源工程学院 | 能源与动力工程 | 工学 | |
| 机械与能源工程学院 | 建筑环境与能源应用工程 | 工学 | |
| 理学院 | 数学与应用数学(师范) | 理学 | http://sci.jmu.edu.cn |
| 理学院 | 数学与应用数学 | 理学 | |
| 理学院 | 数据科学与大数据技术 | 工学 | |
| 理学院 | 应用物理学 | 理学 | |
| 理学院 | 光电信息科学与工程 | 工学 | |
| 外国语学院 | 英语(师范) | 文学 | http://sfl.jmu.edu.cn |
| 外国语学院 | 英语 | 文学 | |
| 外国语学院 | 日语 | 文学 | |
| 外国语学院 | 翻译 | 文学 | |
| 法学院 | 法学 | 法学 | http://soc.jmu.edu.cn |
| 法学院 | 社会工作 | 法学 | |
| 文学院 | 汉语言文学(师范) | 文学 | http://chin.jmu.edu.cn |
| 文学院 | 汉语言文学 | 文学 | |
| 文学院 | 汉语国际教育(师范) | 文学 | |
| 港口与环境工程学院 | 工程管理 | 工学 | http://engtech.jmu.edu.cn |
| 港口与环境工程学院 | 环境工程 | 工学 | |
| 港口与环境工程学院 | 地理信息科学 | 理学 | |
| 港口与环境工程学院 | 港口航道与海岸工程 | 工学 |
国家级科研创新平台
平台名称 | 学院 |
船舶辅助导航技术国家地方联合工程研究中心 | 航海学院 |
水产品深加工技术国家地方联合工程研究中心 | 食品与生物工程学院 |
省、部级科研创新平台
平台名称 | 学院 |
鳗鲡现代产业技术教育部工程研究中心 | 水产学院 |
福建省船舶与海洋工程重点实验室 | 轮机工程学院 |
福建省清洁燃烧与能源高效利用工程技术研究中心 | 机械与能源工程学院 |
农业部东海海水健康养殖重点实验室 | 水产学院 |
福建省海洋渔业资源与生态环境重点实验室 | 水产学院 |
福建省食品微生物与酶工程重点实验室 | 食品与生物工程学院 |
福建省能源清洁利用与开发重点实验室 | 机械与能源工程学院 |
福建省人文社科基地—集美大学地方财政绩效研究中心 | 财经学院 |
福建省海洋功能食品工程技术研究中心 | 食品与生物工程学院 |
数字福建卫星通信与海洋监测物联网实验室 | 轮机工程学院 |
数字福建大数据建模与智能计算研究所 | 理学院、计算机工程学院 |
福建省水产生物育种与健康养殖工程研究中心 | 水产学院 |
学校现有21个学院，69个本科专业，涵盖经济学、法学、教育学、文学、理学、工学、农学、管理学及艺术学等9个学科门类。
1个水产学科博士后科研流动站；水产、船舶与海洋工程等2个一级学科博士点；水产、船舶与海洋工程、食品科学与工程、交通运输工程、应用经济学、体育学、数学、中国语言文学、生物学、机械工程、信息与通信工程、工商管理、设计学等13个硕士学位授权一级学科点；农业、工程、教育、税务、会计、体育、艺术、社会工作等8个硕士专业学位类别。
按教育部有关规定，达到毕业要求的毕业生，由集美大学颁发经教育部电子注册的普通高等学校毕业证书；符合学位授予规定的，由集美大学授予学士学位。
学校现有专任教师1500人左右，高级职称教师700人左右。现有双聘院士2人，教育部新世纪优秀人才支持计划人选1人，国家“百千万人才工程”人选1人，享受国务院政府特殊津贴专家6人，国家外国专家局外国高端人才（A类）1人。
学校在校生27000多人，其中全日制本科生25500多人，研究生近1400人，国际学生近200人。学校拥有3个国家级专业综合改革试点项目，6个国家级“卓越”人才培养计划专业，4个国家级特色专业、1个国家级教学团队、2个国家级实验教学示范中心、1个国家级虚拟仿真实验教学中心、1个国家级大学生校外实践教育基地。
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