我院是经教育部备案、承认的普通高等学校，学生在校期间成绩合格者，都可颁发教育部承认的全国通用的大专毕业证；同时学有余力的学生还可以参加专本同读考试，获取本科文凭、并可申请学士学位证书；同时还可以参加各种劳动技能资格考试，获取各种劳动技能证书。

学院是安徽省唯一一所与安徽中医药大学联合开办中药学专业专升本教育的高职院校，考入安徽中医药大学中药学专业专升本的学生在亳州职业技术学院学习深造，毕业颁发安徽中医药大学本科文凭。

在校生7500人，学院设有药学院、医护系、管理学系、智能工程系、信息工程系、建筑工程系、基础教学部和继续教育学院8个二级教学单位，共开设43个专业。其中中药学、连锁经营管理、中药制药技术、药品质量与安全为中央财政支持建设专业；中医学、针灸推拿为国控专业；中药学、中药制药技术、药学、药品质量与安全、药品经营与管理、连锁经营管理、机电一体化技术、医疗设备应用技术等专业为省级特色专业；电气自动化技术、电子商务、市场营销、护理为省级综合改革试点专业；服务外包、高速铁路客运乘务、网络营销、财务管理、汽车智能技术为地方新兴专业。