南京大学金陵学院应用化学专业依托南京大学化学化工学院，该专业配有教学经验丰富的一流师资队伍；教学设施齐全，特别建有全国一流的基础课实验室；具有严谨的治学态度和优良的学习气氛。
南京大学金陵学院应用化学专业采用多种教学模式实施教学，旨在培养具有创新能力的应用型人才。通过课堂教学使学生具有扎实的基础理论；通过实验教学、生产实践和企业、研究所相结合，全面培养学生的多种能力和科学素质，通过和法国、英国等名校联合办学，拓宽学生的视野。
应用化学专业是当今社会急需专业，也是典型的交叉学科专业。专业设有两个方向（1）现代分析化学；（2）化学和生物制药。基础课设有：化学原理和大学化学实验、有机化学和有机化学实验、仪器分析和仪器分析实验、生物化学和药物化学等。
现代分析化学方向（入校后再分）
该专业方向依托南京大学分析化学国家重点学科和“分析化学和生命分析化学”教育部重点实验室。现代分析化学包括化学分析和仪器分析两部分。该专业方向适用面广，社会需求量大，如环保、海关商检、国防、工业和农业等凡涉及分析与检测的部门均需要分析化学的专门人才。
化学与生物制药方向（入校后再分）
该专业方向依托南京大学药物化学研究所，化学生物学研究所等，化学制药是制药工业的基础，生物技术已成为当代高科技领域的重要组成部分，现代生物技术对发现、研究和生产新型药物、改造制药工艺具有重要意义。制药、药检、医院等行业大量需要该专业方向的高级专业技术人员。
学科主干课程：化学原理，化学原理实验，有机化学，有机化学实验，仪器分析，仪器分析及物理化学实验，生物化学，化工原理，化学信息学及实验等。