南京中医药大学始建于1954年，是中国建校最早的高等中医药院校之一，是教育部和江苏省共建的国家“双一流”世界一流学科建设高校，是江苏省人民政府与国家中医药管理局共建高校、江苏省重点建设高校、江苏省高水平大学建设高校，是世界一流中医药大学建设联盟.

   南京中医药大学 是世界卫生组织（WHO）传统医学合作中心、国家卫生部确定的国际针灸培训中心、全国首批博士和硕士学位授权单位、全国古籍重点保护单位、全国中医师资进修教育基地、国家建设高水平大学公派研究生项目实施高校、国家“特色重点学科项目”建设高校。

  历史沿革：

（1）南京中医药大学始建于1954年，历经江苏省中医进修学校、江苏省中医学校、南京中医学院、江苏新医学院、南京中医学院（恢复建制）等历史时期，是中国建校最早的高等中医药院校之一。1981年11月，经国务院批准，学校成为全国首批博士和硕士学位授予单位。

（2）1995年，更名为南京中医药大学。同年，经国家人事部批准，设立第一个中医学博士后科研流动站。

（3）2010年，列为江苏省重点建设高校。

（4）2011年，成为江苏省人民政府和国家中医药管理局共建高校。 年底，入选国家建设高水平大学公派研究生项目。

（5）2017年9月，南京中医药大学入选国家“双一流”世界一流学科建设高校。同年，入选江苏省高水平大学建设高校。

（6）2018年1月，南京中医药大学与中国科学院上海药物研究所签署全面战略合作协议，共建“新中药学院”。 11月，成为教育部和江苏省共建“双一流”建设高校。